Genómica en la nube

Capítulo 12. Análisis interactivo en Jupyter Notebook

Este trabajo se ha traducido utilizando IA. Agradecemos tus opiniones y comentarios: [e-mail]

Con este capítulo, completamos la experiencia de trabajar en la nube. Empezamos en el Capítulo 4 ejecutando comandos individuales en un intérprete de comandos, y adquirimos destreza con las herramientas GATK en los Capítulos 5 a 7. Luego, en el Capítulo 8, aprendiste sobre los flujos de trabajo con scripts y descubriste formas progresivamente mejores de ejecutarlos en los capítulos siguientes.

Sin embargo, ahora volvemos al hecho ineludible de que no todo en genómica puede (o debe) hacerse como un flujo de trabajo guionizado. A veces, sólo quieres interactuar directamente con los datos, tal vez generar un par de gráficos y determinar cuál debe ser tu siguiente paso basándote en el aspecto de los gráficos. Puede que te encuentres en una fase exploratoria temprana de tu proyecto, atascado a mitad de camino con algunas muestras fallidas que solucionar, o pasando a indagar en la genética de un grupo de personas. En cualquier caso, tienes que ser capaz de probar ideas rápidamente, hacer un seguimiento de lo que produce cada intento y compartir tu trabajo con los demás.

En este capítulo, te mostramos cómo utilizar Jupyter Notebook en Terra para lograr estos objetivos. Comenzamos con una breve introducción a Jupyter, por si aún no estás familiarizado con el concepto y las herramientas. Dedicamos un poco más de tiempo ...