Habilidades en Datos Bioinformáticos

Capítulo 7. Herramientas de datos Unix

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A menudo olvidamos cómo funcionan la ciencia y la ingeniería. Las ideas surgen de la exploración previa más a menudo que de los relámpagos.

John W. Tukey

En el Capítulo 3, aprendimos los conceptos básicos del shell de Unix: el uso de flujos, la redirección de la salida, las tuberías y el trabajo con procesos. Estos conceptos básicos no sólo nos permiten utilizar el shell para ejecutar herramientas bioinformáticas de línea de comandos, sino también aprovechar Unix como entorno de trabajo modular para trabajar con datos bioinformáticos. En este capítulo, veremos cómo podemos combinar el shell de Unix con herramientas de datos de línea de comandos para explorar y manipular datos rápidamente.

Herramientas de Datos Unix y el Enfoque Unix One-Liner: Lecciones de Perlas de Programación

Comprender cómo utilizar las herramientas de datos Unix en bioinformática no consiste sólo en aprender qué hace cada herramienta, sino en dominar la práctica de conectar herramientas entre sí: crear programas a partir de tuberías Unix. Conectando herramientas de datos mediante tuberías, podemos construir programas que analicen, manipulen y resuman los datos. Los pipelines Unix pueden desarrollarse en scripts de shell o como "one-liners", es decir, pequeños programas construidos conectando herramientas Unix con tuberías directamente en el shell. Ya ...