Capítulo 3. Shell Unix de recuperación
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El intérprete de comandos Unix es el entorno informático básico para la bioinformática. El intérprete de comandos nos sirve de interfaz para los grandes programas bioinformáticos, como consola interactiva para inspeccionar los datos y los resultados intermedios, y como infraestructura para nuestros conductos y flujos de trabajo. Este capítulo te ayudará a desarrollar un dominio de los conceptos necesarios del shell de Unix que se utilizan ampliamente en el resto del libro. Esto te permitirá centrarte en el contenido de los comandos en futuros capítulos, en lugar de preocuparte por comprender la sintaxis del shell.
Este libro asume que estás familiarizado con temas básicos como qué es un terminal, qué es el intérprete de comandos, la jerarquía del sistema de archivos Unix, moverte por directorios, permisos de archivos, ejecutar comandos y trabajar con un editor de texto. Si estos temas te suenan extraños, es mejor que te pongas al día con materiales más básicos (consulta "Suposiciones de este libro" para ver algunos recursos). En este capítulo, cubriremos conceptos remediales que subyacen profundamente en cómo utilizamos el shell en bioinformática: flujos, redirección, tuberías, trabajo con programas en ejecución y sustitución de comandos. La comprensión de estos temas del shell te preparará para utilizarlo para trabajar con ...
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