Python für die Bioinformatik beherrschen

Kapitel 7. Die Übersetzung von mRNA in Protein: Mehr funktionale Programmierung

Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: [e-mail]

Das zentrale Dogma der Molekularbiologie besagt, dass aus DNA mRNA und aus mRNA Protein entsteht. In Kapitel 2 habe ich gezeigt, wie man DNA in mRNA transkribiert, also ist es jetzt an der Zeit, mRNA in Proteinsequenzen zu übersetzen. Wie auf der Rosalind PROT-Seite beschrieben, muss ich jetzt ein Programm schreiben, das eine mRNA-Zeichenkette akzeptiert und eine Aminosäuresequenz erzeugt. Ich werde mehrere Lösungen zeigen, die Listen, for Schleifen, List Comprehensions, Wörterbücher und Funktionen höherer Ordnung verwenden, aber ich gestehe, dass ich mit einer Biopython-Funktion enden werde. Trotzdem wird es eine Menge Spaß machen.

Ich werde mich vor allem darauf konzentrieren, wie man kleine Funktionen schreibt, testet und zusammensetzt, um Lösungen zu erstellen. Du wirst lernen:

• Wie extrahiere ich Codons/k-mers aus einer Sequenz mit Hilfe von String Slices?

• Wie man ein Wörterbuch als Nachschlagetabelle verwendet

• Wie man eine for Schleife in ein Listenverständnis und einen map() Ausdruck übersetzt

• Wie du die Funktionen takewhile() und partial() verwendest

• Wie man das Modul Bio.Seq verwendet, um mRNA in Proteine zu übersetzen

Erste Schritte

Für diese Übung musst du im Verzeichnis 07_prot arbeiten. Ich empfehle, dass du zunächst die erste Lösung nach prot.py ...