Capítulo 11. Ejecutar muchos flujos de trabajo cómodamente en Terra
Este trabajo se ha traducido utilizando IA. Agradecemos tus opiniones y comentarios: translation-feedback@oreilly.com
En el Capítulo 10, te dimos una tentadora primera muestra de la potencia de la combinación de Cromwell y la API Pipelines. Aprendiste a enviar flujos de trabajo individuales a PAPI, tanto directamente a través de Cromwell como indirectamente a través de la envoltura WDL Runner. Ambos enfoques te permitieron reunir rápidamente cantidades arbitrarias de recursos de computación en la nube sin necesidad de administrarlos directamente, lo que probablemente sea la lección más importante que puedes extraer de este libro. Sin embargo, como hemos comentado, ambos enfoques adolecen de limitaciones que te impedirían alcanzar la escalabilidad realmente grande que ofrece la nube.
En este capítulo, te mostramos cómo utilizar un servidor Cromwell con todas las funciones dentro de Terra, una plataforma basada en la nube operada por el Instituto Broad. Comenzaremos presentándote la plataforma y te guiaremos a través de los aspectos básicos de la ejecución de flujos de trabajo en Terra. Por el camino, tendrás la oportunidad de experimentar con la función de caché de llamadas que permite al servidor Cromwell reanudar flujos de trabajo fallidos o interrumpidos desde el punto de fallo. Con esa experiencia en la mano, te graduarás para ejecutar finalmente una tubería de buenas prácticas GATK a gran escala en un conjunto ...
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