Genómica en la nube

Capítulo 9. Descifrando los Flujos de Trabajo de la Genómica Real

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En el Capítulo 8, te mostramos cómo encadenar comandos en flujos de trabajo utilizando el lenguaje WDL de , y te hicimos practicar la ejecución de esos flujos de trabajo en tu VM en la nube utilizando Cromwell. A lo largo de ese capítulo, utilizamos flujos de trabajo de ejemplo bastante sencillos para centrarnos en la sintaxis y las reglas básicas de WDL. En este capítulo, cambiamos de marcha y abordamos flujos de trabajo más complejos que los que has visto hasta ahora. Ten por seguro que no esperamos que domines al instante todos los entresijos ni que memorices las distintas características del código que encontrarás.

Nuestro principal objetivo es exponerte la lógica, los patrones y las estrategias que se utilizan en los flujos de trabajo genómicos reales y, de paso, presentarte una metodología para descifrar nuevos flujos de trabajo de complejidad arbitraria. Para ello, hemos seleccionado dos flujos de trabajo de la colección gatk-workflows, pero no te diremos por adelantado lo que hacen. En lugar de eso, para cada flujo de trabajo misterioso, te diremos la funcionalidad que vas a aprender y luego te guiaremos a través de una serie de pasos para que aprendas lo que hace el flujo de trabajo y cómo se implementa la funcionalidad que nos interesa. Esto no te convertirá en un desarrollador de la WDL ...