Dominar Python para Bioinformática

Capítulo 13. Sitios de Restricción de Ubicación: Utilizar, probar y compartir código

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Una secuencia palindrómica en el ADN es aquella en la que la secuencia de pares de bases 5' a 3' es idéntica en ambas cadenas. Por ejemplo, la Figura 13-1 muestra que el complemento inverso de la secuencia de ADN GCATGC es la propia secuencia.

Figura 13-1. Un palíndromo inverso es igual a su complemento inverso

Puedo verificarlo en código:

>>> from Bio import Seq
>>> seq = 'GCATGC'
>>> Seq.reverse_complement(seq) == seq
True

Como se describe en el reto REVP de Rosalind, las enzimas de restricción reconocen y cortan dentro de secuencias palindrómicas específicas de ADN conocidas como sitios de restricción. Suelen tener una longitud de entre 4 y 12 nucleótidos. El objetivo de este ejercicio es encontrar las ubicaciones en una secuencia de ADN de cada enzima de restricción putativa. El código para resolver este problema podría ser enormemente complicado, pero una comprensión clara de algunas técnicas de programación funcional ayuda a crear una solución breve y elegante. Exploraré map(), zip() y enumerate(), así como muchas funciones pequeñas y probadas.

Aprenderás:

• Cómo encontrar un palíndromo inverso

• Cómo crear módulos para compartir funciones comunes

• Acerca de la variable ...