Dominar Python para Bioinformática

Capítulo 12. Inferencia de ARNm a partir de proteínas: Productos y Reducciones de Listas

Este trabajo se ha traducido utilizando IA. Agradecemos tus opiniones y comentarios: [e-mail]

Como se describe en el reto Rosalind ARNm, el objetivo de este programa es encontrar el número de cadenas de ARNm que podrían producir una secuencia proteica determinada.Verás que este número puede llegar a ser excesivamente grande, por lo que la respuesta final será el resto después de dividir por un valor dado. Espero demostrar que puedo darle la vuelta a la tortilla de las expresiones regulares intentando generar todas las cadenas que podrían coincidir con un patrón determinado. También mostraré cómo crear los productos de números y listas, así como la forma de reducir cualquier lista de valores a un único valor, y por el camino hablaré de algunas cuestiones de memoria que pueden causar problemas.

Aprenderás:

• Cómo utilizar la función functools.reduce() para crear una función matemática product() para multiplicar números

• Cómo utilizar el operador módulo de Python (%)

• Acerca de los problemas de desbordamiento del búfer

• Qué son los monoides

• Cómo invertir un diccionario volteando las claves y los valores

Cómo empezar

Debes trabajar en el directorio 12_mrna del repositorio.Comienza copiando la primera solución en el programa mrna.py:

$ cd 12_mrna/
$ cp solution1_dict.py mrna.py

Como de costumbre, inspecciona primero el uso:

$ ./mrna.py -h usage: mrna.py [-h] [-m int] ...