Dominar Python para Bioinformática

Apéndice A. Documentar comandos y crear flujos de trabajo con make

El programa make se creó en 1976 para ayudar a construir programas ejecutables a partir de archivos de código fuente.Aunque originalmente se desarrolló para ayudar a programar en el lenguaje C, no se limita a ese lenguaje ni siquiera a la tarea de compilar código. Según el manual, uno "puede utilizarlo para describir cualquier tarea en la que unos archivos deban actualizarse automáticamente a partir de otros cada vez que éstos cambien". El programa make ha evolucionado mucho más allá de su función como herramienta de compilación para convertirse en un sistema de flujo de trabajo.

Los Makefiles son recetas

Cuando ejecutas el comando make, busca un archivo llamado Makefile (o makefile) en el directorio de trabajo actual.Este archivo contiene recetas que describen acciones discretas que se combinan para crear algún resultado. Piensa que una receta para una tarta de merengue de limón tiene pasos que deben completarse en un orden y una combinación determinados. Por ejemplo, tengo que crear por separado la corteza, el relleno y el merengue y luego juntarlos y hornearlos antes de poder disfrutar de un sabroso manjar. Puedo visualizar esto con algo llamado diagrama de cadenas, como se ilustra en la Figura A-1.

Figura A-1. Un diagrama de cuerdas que describe cómo hacer una tarta, adaptado de Brendan Fong y David Spivak, ...