Bioinformatik Datenkenntnisse

Kapitel 7. Unix-Daten-Tools

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Wir vergessen oft, wie Wissenschaft und Technik funktionieren. Ideen entstehen eher durch frühere Forschungen als durch Blitzeinschläge.

John W. Tukey

In Kapitel 3 haben wir die Grundlagen der Unix-Shell kennengelernt: die Verwendung von Streams, die Umleitung von Ausgaben, Pipes und die Arbeit mit Prozessen. Diese grundlegenden Konzepte ermöglichen es uns nicht nur, die Shell zu nutzen, um Bioinformatik-Tools auf der Kommandozeile auszuführen, sondern auch, Unix als modulare Arbeitsumgebung für die Arbeit mit bioinformatischen Daten zu nutzen. In diesem Kapitel werden wir sehen, wie wir die Unix-Shell mit Kommandozeilen-Tools kombinieren können, um Daten schnell zu untersuchen und zu bearbeiten.

Unix Data Tools und der Unix One-Liner-Ansatz: Lektionen aus Programmierperlen

Um zu verstehen, wie man Unix-Datentools in der Bioinformatik einsetzt, muss man nicht nur wissen, was die einzelnen Tools tun, sondern auch die Praxis beherrschen, Tools miteinander zu verbinden - Programme aus Unix-Pipelines zu erstellen. Indem wir Datentools mit Pipes miteinander verbinden, können wir Programme erstellen, die Daten analysieren, bearbeiten und zusammenfassen. Unix-Pipelines können in Shell-Skripten oder als "Einzeiler" entwickelt werden - kleine Programme, die durch die Verbindung von Unix-Tools mit Pipes direkt auf der Shell ...