Bioinformatik Datenkenntnisse

Kapitel 2. Einrichten und Verwalten eines Bioinformatikprojekts

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Genauso wie ein gut organisiertes Labor das Leben eines Wissenschaftlers erleichtert, erleichtert ein gut organisiertes und gut dokumentiertes Projekt das Leben eines Bioinformatikers. Unabhängig davon, an welchem Projekt du arbeitest, sollte dein Projektverzeichnis einheitlich und verständlich aufgebaut sein. Eine klare Projektorganisation macht es sowohl dir als auch deinen Mitstreitern leichter, herauszufinden, wo und was sich alles befindet. Außerdem ist es viel einfacher, Aufgaben zu automatisieren, wenn die Dateien organisiert und klar benannt sind. Zum Beispiel ist es trivial, 300 Gensequenzen, die in verschiedenen FASTA-Dateien gespeichert sind, mit einem Skript zu bearbeiten, wenn diese Dateien in einem einzigen Verzeichnis organisiert und einheitlich benannt sind.

Jedes Bioinformatikprojekt beginnt mit einem leeren Projektverzeichnis. Daher ist es nur passend, dass dieses Buch mit einem Kapitel über die Projektorganisation beginnt. In diesem Kapitel werden wir uns einige bewährte Methoden zur Organisation deiner Bioinformatik-Projektverzeichnisse ansehen und erfahren, wie du deine Arbeit mit Markdown-Dateien im Klartext dokumentieren kannst. Außerdem erfahren wir, warum es bei der Organisation von Projektverzeichnissen nicht nur um Ordnung geht, sondern auch darum, wie Aufgaben ...